1999年6月，北京市人民政府發布《關于同意設立北京市中關村科技發展有限公司的通知》(北京市政府辦公室函[1999]79號)，同意設立北京市中關村科技發展有限公司，總股份3萬股，總股本3萬元。其中，北京住宅開發建設集團總公司2.7萬股，北京國有資產管理公司1100萬股，北京新技術產業發展服務中心500萬股，北京實創高科技發展總公司500萬股，聯想控股公司300萬股，四通集團300萬股，北京北京大學方正集團300萬股。同日，北京市國有資產管理局還作出了《關于北京中關村科技發展有限公司國有股權管理相關問題的批復》，同意北京市住宅開發建設集團總公司以評估確認的凈資產投資于北京市國有資產管理公司、北京市新技術產業發展服務中心、北京實創高科技發展總公司、聯想集團控股公司、四通集團公司、北京北京大學方正集團公司。

1999年6月，北京市中關村科技發展有限公司獲得北京市工商行政管理局頒發的《企業法人營業執照》，注冊號為110001042864。并于當年7月在深圳證券交易所上市。

2006年底至2007年初，中關村科技公司完成股權重組和股權分離改革，鵬泰投資、廣東廣東、海源控股收購北京住房集團持有中關村科技公司全部股權，公司從國有控股企業成功轉變為現代股份制企業。